複層上皮上皮組織由兩層以上之上皮細胞所形成，其中僅最底層之細胞以基底膜與結締組織相接，其餘細胞則以層層相疊方式排列。複層上皮之細胞形態由底層至頂層各不相同，其分類上主要根據其靠近自由面 (free surface) 之最頂層細胞之側切面呈現形態為依據。若此頂層細胞呈扁平狀則稱為複層鱗狀(扁平)上皮 (stratified squamous epithelium)，如呈立方狀則稱複層立方上皮 (stratified cuboidal epithelium)，如呈柱狀則稱為複層柱狀上皮 (stratified columnar epithelium)。除上述三種複層上皮外，另有一種上皮組織會依所受外力大小而改變或調整其細胞之形態及層數稱為移形上皮 (transitional epithelium)。